Принципы выделения микроорганизмов из различных материалов были открыты еще великим ученым Луи Пастером.
Было установлено, что микробы можно выделить на различных питательных субстратах, таких как стерильный мясной бульон. Позже были разработаны плотные питательные среды с использованием агара. Микробы растут на них в виде агломераций — колоний. Каждой колонии дает начало одна микробная клетка. Посчитав количество колоний, можно узнать, сколько микробов содержалось в исходном материале.
Большое значение имеет состав питательных сред, на которых выделяют микроорганизмы. Разработано большое количество рецептов сред, оптимизированных под разные группы возбудителей. Большое значение имеют условия, в которых выращиваются посевы, такие как температура, содержание кислорода и углекислого газа, время инкубирования. Некоторым микробам нужны анаэробные (безкислородные) условия для роста.
Микробы, выделенные на питательных средах, называют культурой. Для дальнейших работ необходимо получить чистую культуру каждого микроба, т.к. часто вырастает не один, а несколько видов микроорганизмов. Существуют специальные техники для выделения чистых культур. После этого можно определить точный вид микроорганизма, а также его чувствительность к лекарственным препаратам.
Работа с микроорганизмами требует глубоких знаний и практического опыта, а также хорошей оснащенности микробиологических лабораторий.